分别是理学部、工学部、医学部。
1.理学部:设数学、信息科学、物理、天文、地球物理、化学、生物化学、生物科学、地学9系,附属部门有临海实验场、植物园、基本粒子物理国际中心、光谱化学研究中心、地壳化学研究室、天文学教学研究中心等。
2.工学部:东京大学最庞大的学部,含有23个系109个讲座,几乎覆盖了所在地工程学科,包括土木、机械、电子、船舶、航空、原子能、资源、金属、材料、应用化学、应用物理、计算等领域的众多学科,还设有一个工程基础系,一个原子能工程研究和综合试验场。
3.医学部:医学部有医学、健康护理学两系,附设脑研究实验室、医学电子实验室、声音语言医学实验室、实验动物饲养室,两所附属医院,附属学校有养护学校、接生护士学校。该学部以外科,特别是脑外科在世界上十分有名。
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