有爪哇海、班达海、帝汶海、阿拉弗拉海、马鲁古海等。
1.爪哇海:位于印尼爪哇岛、苏拉威西岛、加里曼丹岛、苏门答腊岛之间,北接婆罗洲,东北连望加锡海峡之南端,东邻西里伯斯、弗洛勒斯和巴里海,南达爪哇岛,西南接巽他海峡,西界苏门答腊,西北为邦加岛和勿里洞岛;
2.班达海:位于南太平洋西部海域,总面积47万平方千米,平均深度3064米,为印度尼西亚摩鹿加南部诸岛所环抱;
3.帝汶海:是印度洋的分支海域。位于帝汶岛东南、澳大利亚西北。西连印度洋,东接阿拉弗拉海;
4.阿拉弗拉海:是西太平洋的浅海部分,位于澳大利亚北岸、卡奔塔利亚湾和新几内亚南岸之间。西连帝汶海,西北接班达海和赛拉姆海,东部经托雷斯海峡沟通珊瑚海;
5.马鲁古海:旧名“摩鹿加海”。在菲律宾南部,气候炎热,在热带地区。